La historia comienza en el país de Clow, donde Syaoran vuelve tras investigar las ruinas que están en el desierto de dicho país. En su casa, Sakura, su amiga de la infancia y princesa del reino, le hace una visita sorpresa, y cuando ésta le quiere expresar sus sentimientos a él, se tiene que marchar al castillo, aunque le promete que se lo dirá el próximo día. Sakura ve cosas raras por la noche, en el balcón de su cuarto, sintiéndose atraída por las ruinas.

Al día siguiente, dentro de las ruinas, Sakura visita a Syaoran y ésta, al tocar un emblema extraño del suelo, pierde unas plumas, que son los recuerdos y el alma de ella. También aparecen unos guerreros que nunca habían visto por allí, todo ello planeado en secreto por el mago Fei Wong Reed. El sacerdote del reino, Yukito, decide enviar a Syaoran junto a Sakura a otro mundo, donde habita la bruja de la dimensión.

Aparte de él, otros dos personajes en distintos mundos se transportan allí: Kurogane, de Japón, en contra de su voluntad, ya que la princesa Tomoyo quiere que descubra el verdadero significado de la fuerza ; y Fay D. Flourite, un mago del país de Celes, que decide escapar de su reino por temor a que se levante su rey, el rey Ashura.

Los tres aparecen en casa de Yūko Ichihara, conocida también como "La bruja de la dimensión" y, a cambio del tatuaje de la espalda de Fay, la espada más valiosa: "El dragón de oro" de Kurogane, y la relación que tiene con Sakura Syaoran, les da un animal extraño de color blanco llamado Mokona Modoki, que tiene el poder de viajar por todos los mundos, para ir recuperando las plumas perdidas de Sakura, aunque con la salvedad de que nunca sabe cual es el próximo mundo al que les transportará.

Con el objetivo de recuperar las plumas de la princesa, las cuales se han desperdigado por numerosos mundos (o dimensiones),^[1] los protagonistas, gracias a Mokona, tienen que viajar por éstos para encontrarlos, y dárselos a la princesa que, al recuperar cada una de ellas, durante un tiempo tiene que permanecer dormida.

Los mundos que conforman la obra son muy variados, y abarcan desde mundos que tienen las más altas tecnologías (como televisores), hasta otros con una ambientación medieval e incluso algunos de corte fantasioso y mágico. Es por ello también que los ropajes habituales entre las diferentes dimensiones varían radicalmente, al igual que la climatología, fauna y costumbres entre las susodichas. Sucede lo mismo con las lenguas, aunque gracias a Mokona, los personajes se pueden comunicar entre sí y entablar una conversación con los habitantes de la zona sin dificultad.

Asimismo, Yūko también les informó a los protagonistas que pueden caer en mundos donde haya situaciones conflictivas, que estén en plena guerra por ejemplo, al igual que puedan tener la suerte de caer en uno más calmado y pacífico. Además, también les advirtió que existe la posibilidad de que aterrizasen en mundos donde no se encontrase la pluma de la princesa de Clow