En un mundo muy parecido al nuestro hay un grupo de personas más conocidas como “Hunters”, los Hunters son personas preparadas para arriesgar su vida con el objetivo de encontrar nuevas especies u objetos raros o de gran valor. Para convertirse en Hunter, es necesario aprobar un examen al que se presentan miles de personas de las cuales tan sólo se seleccionarán unas pocas y que solo se celebra una vez al año. Gon Freaks siempre pensó que sus padres murieron en un accidente cuando el tan sólo era un bebé, pero un día en el bosque se encuentra con Kaito, un Hunter profesional. Kaito es un discípulo del padre de Gon: Jin Freaks, uno de los mejores Hunters profesionales. Desde ese momento, Gon entrena duramente durante tres años para presentarse al examen de Hunter y buscar a su padre. Gon tendrá que pasar unas pruebas muy duras, pero también conocerá a sus mejores amigos y algunos de sus peores enemigos.
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